Certifique-se de ter a versão mais recente do update-manager-core instalada.
sudo apt-get update; sudo apt-get install update-manager-core
Em seguida, execute novamente o lançamento do upgrade.
Se isso ainda falhar, o problema está no seu repositório privado, não localmente.
Você deve forçar manualmente uma atualização do repositório privado, porque é possível que o arquivo xenial.tar.gz tenha sido alterado e seu repositório tenha uma versão obsoleta.