... o script é um script de wrapper para um executável. Quando o executável é executado, aparece com o cinza? ícone na barra Unity, então acabo com dois ícones (o ícone que eu quero e o ícone cinza desconhecido). Como posso fazer com que eu acabe com apenas um ícone (ou dois ícones iguais, se necessário).
Não há muito jeito de lidar com isso. Crie outro arquivo .desktop para o programa que possui um ícone cinza e armazene-o em ~/.local/share/applications .
Informações sobre como fazer isso podem ser encontradas aqui: Aplique ícones aos scripts bash