Acontece que a questão girou em torno de como o compartilhamento CIFS foi montado. Parece que o inode foi possivelmente armazenado em cache, tornando a maioria dos arquivos duplicados, pois o script tentou gravar o novo nome de arquivo. Para resolver isso, adicionei 'cache = none' ao fstab e remontei o compartilhamento. Desde então, percorri o script várias vezes sem problemas.
Embora eu saiba qual era o problema, ainda não sei ao certo por que estava em questão. Se alguém tiver uma ideia de como isso afeta a montagem do CIFS, sou todo ouvidos.