Eu encontrei a resposta para o problema e parece funcionar bem agora. Em vez de excluir minha pergunta, deixarei aqui (como é bastante específico, para que possa ajudar alguém no futuro)
Basicamente, se você ainda tem o sistema de método de entrada do teclado como IBus, então existe algum tipo de conflito entre o tailandês e o japonês. Um ou outro funcionou bem para mim, mas ter ambos instalados causou um problema. Vá para o suporte a idiomas, mude o método de entrada para fcitx, reinicie o computador (ou efetue o login novamente) e, em vez do pequeno EN, TH, JA, no canto superior direito haverá um pequeno ícone de teclado. A má notícia é que você não sabe dizer em que idioma está atualmente, mas a boa notícia é que os três idiomas funcionam corretamente.
a resposta foi originalmente deste post, 16.04 Entrada de texto em japonês não funciona