Ao instalar manualmente as partições, uma das etapas é também definir manualmente o registro de inicialização ... Se você não moveu o registro de inicialização para o SSD manualmente e o deixou do jeito que estava, ele substituiu o registro de inicialização sua unidade principal.
Se essa unidade continha algo diferente (por exemplo, Windows 10), o Windows não poderá inicializar mais.
Para resolver isso, veja SuperUser como o Windows está off-topic aqui.