Desculpe, já que não estou rodando (Unity) Ubuntu eu não tenho a resposta completa.
Primeira ideia:
Tente alterar o layout do seu teclado em Configurações do sistema > Teclado. Algumas linguagens possuem uma versão para Mac do layout. Isso pode ter a tecla @ em um lugar adequado para você.
Segunda ideia:
Tente adicionar uma nova combinação de teclas de atalho para copiar e colar. O antigo ainda funcionaria, mas isso seria menos irritante. Você pode encontrá-lo em algum lugar nas Configurações do sistema > Teclado ou dispositivos de entrada.
A tecla Super / Meta / Windows não está registrada porque é uma das teclas modificadoras (assim como Alt e Shift) e elas não são tratadas como chaves normais no Linux.