A resposta é um não preocupante
Primeiro, é totalmente possível que os vírus procurem por WINE / PlayOnLinux e os usem como um ponto de partida para obter controle sobre o sistema como um todo. Os programas do Windows (se escritos corretamente) podem detectar se estão sendo executados no Wine.Em segundo lugar, o PlayOnLinux / Wine tem o hábito de "virtualizar" seu sistema de arquivos Linux como uma unidade para o Windows emulado. Se algum malware (por exemplo, Cryptolocker) executar e segmentar essas unidades, seus arquivos armazenados no Ubuntu também estarão em risco. Agora, você pode bloquear esse risco simplesmente desabilitando a capacidade do WINE acessar os arquivos do Linux, mas você está perdendo um aspecto chave do que torna o WINE útil. Além disso, um vírus ainda pode usar o Ponto 1 para codificar seu sistema.
Agora, a menos que você esteja instalando / executando códigos ou programas não confiáveis, provavelmente não terá nada a temer. A maioria dos softwares dos repositórios do PlayOnLinux são normalmente controlados e considerados seguros, mas você ainda precisa considerar o fato de que ainda é possível que um malware infecte esses programas, infectando o computador por sua vez. Ainda não há melhor forma de antivírus do que um usuário inteligente (e ligeiramente paranoico).
Mesmo que você apague a pasta PoL e qualquer executável, o próprio vírus desaparecerá do seu sistema, mas os efeitos (como os arquivos corrompidos do Ubuntu) ainda persistirão.