Resposta curta : você está tentando instalar vlc na versão 3.0.0, mas o pacote vlc depende de vlc-nox (e talvez de outros). apt não pode encontrar um pacote vlc-nox na versão 3.0.0 nos repositórios que você configurou, apenas um na versão 2.2.4. Além disso, você está tentando instalar um pacote vlc para o Ubuntu 16.10 no Ubuntu 16.04, o que pode causar problemas.
Resposta longa : os pacotes podem depender de outros pacotes. Para instalar o vlc , você precisa instalar o vlc-nox (o VLC para usar sem uma interface gráfica, o "no X") também em uma versão correspondente. Se você, por exemplo, quiser instalar o vlc na versão 2.2.0, precisará de vlc-nox na versão 2.2.0.
apt tenta instalar a última versão de um pacote que pode obter dos repositórios que você configurou. No seu caso, isso é vlc 3.0.0~~git20160525+r64784+62~ubuntu16.10.1 . Então você precisaria de uma versão 3.0.0 de vlc-nox também. Mas a versão mais recente do vlc-nox disponível nos seus repositórios é 2.2.4-4 .
Além disso, a versão 3.0.0~~git20160525+r64784+62~ubuntu16.10.1 é para o Ubuntu 16.10, não para o Ubuntu 16.04. É sempre uma aposta usar pacotes que foram criados para diferentes versões do Ubuntu. Pode funcionar, pode não funcionar.
Então você precisa verificar os repositórios que você instalou. Pode haver um repositório que se destina a uma versão posterior do Ubuntu e não funciona na sua versão.