Abra um terminal ( Ctrl + Alt + T ) e digite:
sudo nano /etc/environment
Lá, você tem uma lista de caminhos de onde binários / scripts são lidos. Por exemplo, se você tivesse inicialmente o Matlab 2015a, poderia ser algo assim:
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:usr/local/MATLAB/R2015a/bin
Você deseja alterar o último caminho para pintar para a nova versão (isto é, substitua R2015a por R2016b ). Salve ( Ctrl + O ), saia ( Ctrl + X ) e está pronto.