Se você está planejando instalar e reinstalar com freqüência [você faz isso com o Windows? Não é tão comum com o Linux :))] Ubuntu, você não terá um problema com a segunda unidade. Mas você pode não querer fazer particionamento automático. Embora nas versões recentes do instalador o Ubuntu detecte instalações antigas e pergunte o que fazer com ele.
A instalação no segundo disco rígido não é problema, basta selecioná-lo durante o processo. Você pode reinstalar depois e antes de colocar qualquer outra coisa nessa unidade, se quiser ver como ela funciona. Depois de saber o que é fácil ganhar confiança :)
Apenas certifique-se de ler as telas com cuidado quando se trata de quais drives e partições usar.
Se você puder executar máquinas virtuais no seu Windows, tente em uma máquina virtual. Então você pode até comparar diferentes distribuições sem o risco de quebrar qualquer coisa.