Primeiramente, preste atenção ao aviso:
This option should not be used on systems that require a custom
X configuration, such as systems with multiple GPU vendors.
No meu laptop eu tenho uma GPU Intel HD4000 e a Nvidia GT650M, então isso pode ser um aviso para mim. Tenha certeza do que você está instalando!
No que diz respeito à mensagem de erro, você precisa executar a instalação por meio do console quando o X-Server não estiver em execução. Reinicie sua máquina. No prompt normal de login do Ubuntu (GUI), pressione Ctrl + Alt + F1 e o login do console (baseado em texto) aparecerá. Digite seu ID de usuário e senha.
Em seguida, digite:
sudo ./cuda_8.0.44_linux.run
Em seguida, reinicie digitando:
sudo reboot
Faça login normalmente no prompt normal da GUI.
Se ainda houver um problema, poste o comentário abaixo.