O que causa esse problema?
Na mesma máquina, o smbd está sendo executado em contêineres LXC. O script que inicia o daemon do Samba - /etc/init.d/smbd - acha que o daemon já está em execução e nega iniciar outra instância, porque não está ciente de que o processo smbd encontrado é executado em um contêiner. Essa é também a razão pela qual o Samba começou na inicialização: neste momento os containers ainda não foram iniciados e não havia nenhum outro processo smbd. O mesmo se aplica a outras tecnologias, como o Docker.
Como resolver o problema?
Como sugerido em [1], a solução é modificar o /etc/init.d/smbd:
if ! start-stop-daemon --start --quiet --oknodo --exec /usr/sbin/smbd -- -D; then
mude para:
if ! start-stop-daemon --start --quiet --oknodo --pidfile /var/run/samba/smbd.pid --exec /usr/sbin/smbd -- -D; then
No Ubuntu 16.04.3, este código pode ser encontrado na linha 40. Ao editar usando o nano, pressione Ctrl + W, digite "start-stop", e pressione enter; isso levará você à linha correta.
[1] link