EDIT: Eu resolvi isso excluindo a pasta markdown em elpa e reinstalando-a. Mas ainda não sei por que isso aconteceu ...
Se eu abrir e fechar imediatamente qualquer arquivo .md ou .markdown , o emacs imediatamente pensa que eles foram editados, então se eu for imediatamente fechar, eu recebo o "você quer salvá-lo?" prompt.
Isso também acontece em arquivos que não são .md quando eu M-x markdown-mode .
Eu resolvi isso, mas pensei em postar uma resposta caso isso ajude alguém.
Por fim, decidi reinstalar o pacote e corrigi-lo, embora ainda não tenha certeza do motivo.
Então, no meu ~/.emacs.d/elpa eu achei markdown-mode... , deletei manualmente, voltei para M-x list-packages do emacs, encontrei markdown-mode , reinstalei (digite i quando o cursor está sobre ele), então digite x para instalar todos os pacotes marcados.
Isso resolveu isso.