Parece que o seu BIOS / EFI está configurado para inicializar a partir do disco rígido USB primeiro e você configurou o bootloader no disco rígido USB .
Agora, como você deseja instalar o GRUB no HDD fixo junto com o Windows, é necessário
- Arquivos de configuração do GRUB em seu disco rígido fixo e diretamente acessíveis ao GRUB
- GRUB instalado no MBR do seu HDD fixo
Veja grub-install para opções de colocar arquivos de configuração em diretório não-padrão e certifique-se de apontá-lo para o MBR do seu HDD fixo. Além disso, duvido que você possa colocar os arquivos de configuração do GRUB na partição NTFS, então você pode precisar criar pelo menos uma pequena partição linux para inicializar. (eu não verifiquei)
Além disso - eu espero que você já tenha um backup do seu MBR?
Embora pareça que você não precisa do menu de inicialização dupla quando não há nenhum disco rígido externo. Neste caso, minha recomendação seria restaurar o MBR no Windows HDD para que ele inicialize o Windows quando não houver um HDD externo conectado, mantenha o carregador de boot no HDD USB configurado para inicialização dupla e mantenha a prioridade de inicialização BIOS / EFI configurada para inicializar o USB antes de consertar HDD. Isso não requer reparticionamento do seu HDD e limpa a configuração. O menu de inicialização dupla seria apresentado somente quando o HDD externo estiver conectado.