Eu recentemente atualizei para o Ubuntu 16.04 e atualizei o Gnome para o 3.18.5 também. Agora, se clico com o botão direito do mouse em qualquer janela, vejo apenas a opção de contexto "Mover para a área de trabalho para cima" ou "Mover para a área de trabalho para baixo". Mas eu gostaria de ter a opção "Mover para o espaço de trabalho X". Caso contrário, mover uma janela do espaço de trabalho 1 para 5 se torna um pesadelo.
Eu não encontrei nenhuma solução direta para isso, mas uma solução é entrar no modo de visão geral (toque na tecla win / super). Lá você pode arrastar janelas entre espaços de trabalho no lado direito da tela. Espero que isso ajude um pouco :) PS: isso funciona para o Ubuntu 16.10 pelo menos.