Seu problema é com o Nautilus e não com o sistema de arquivos. Nautilus já teve esse bug antes. Também verifique se você não possui um arquivo .hidden nesse diretório. Não deve ser o caso se eventualmente o conteúdo do diretório aparecer.
% bl0ck_qu0te%Atualize sua versão do Nautilus, ou refine sua pergunta e suas tags com base no fato de que é um problema do sistema Nautilus e não do Ubuntu.