Eu só uso a resposta de Esta questão e agora todas as pastas na raiz têm permissões diferentes e eu não posso usar alguns programas como o Chromium, terminal, etc.
for your_dir in dirs_to_modify:
for root, dirs, files in os.walk(your_dir):
for d in dirs:
os.chmod(os.path.join(root, d), 777)
for f in files:
os.chmod(os.path.join(root, f), 777)
Acabei de substituir dirs_to_modify
por /home/my_user/.hidden_folder
E eu executo o script como root usando o sudo.
Eu sinto que eu quebrei meu sistema operacional Ubuntu. Ajuda por favor.