Estou no servidor LTS do Ubuntu 16.06 e criptografei minha casa com o ecryptfs após essa
O que eu gosto com o ecryptfs é que é possível reinicializar remotamente a máquina e os arquivos não são criptografados no login do usuário (não é possível com o Cryptsetup / LUKS e toda a criptografia de disco).
Não obstante, é possível que o diretório pessoal do usuário não seja re-criptografado quando ele efetua logout? Para que você não possa ler as coisas se a máquina for roubada, mas é possível que as tarefas cron leiam e gravem a partir da casa do usuário.