Supondo que você esteja usando o Virtualbox ,
Como seu objetivo é realmente reduzir o arquivo .vdi no sistema host, se você selecionou Dinâmico ao criá-lo, nada do que você fizer no sistema convidado trabalhos. Um volume dinâmico de caixa virtual só se expande dinamicamente. Mesmo se você excluir todas as partições do sistema convidado, o arquivo .vdi não será reduzido. Permanecerá o mesmo.
Informações adicionais
Verifique estas instruções em aqui se quiser, sobre como .vdi encolhimento de arquivos pode ser realizado. O parâmetro que você precisa é - compact . Isso pode ser feito de uma maneira completamente diferente.