Existe uma extensão que integra o Thunderbird com o menu do Ubuntu Messaging (e também fornece notificações do NotifyOSD) que vem em um PPA. Aqui está uma captura de tela:
Para instalá-lo no Ubuntu, use os seguintes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:ruben-verweij/thunderbird-indicator
sudo apt-get update
sudo apt-get install xul-ext-indicator libnotify-bin
Você vai encontrá-lo nas extensões do Thunderbird. O PPA fornece pacotes para o Ubuntu 10.10 e 11.04, embora a versão 11.04 seja um pouco mais avançada e permite exibir apenas notificações de mensagens que chegam em uma determinada pasta, etc.
Também havia um add-on para o Thunderbird, baseado na extensão acima, mas que já foi removido.