Consegui corrigi-lo e executar glxgears no modo raiz.
O problema foi com o xauth.
O sistema host já tinha xauth . A idéia é usar a chave do usuário já confiável, que no meu caso era manik no sistema host.
O comando xauth list me deu a seguinte saída:
manik/unix:0 MIT-MAGIC-COOKIE-1 a4f6256398303725763c5595f404afbb
Eu vou usar a chave em hexadecimal (a maior parte da entrada acima) na minha conta de usuário root dentro do container.
Eu instalei o pacote xauth no contêiner:
sudo apt-get install xauth
Dentro do prompt de usuário root no contêiner:
export DISPLAY=":0"
xauth add $DISPLAY . a4f6256398303725763c5595f404afbb
E agora glxgears funciona bem no modo raiz.