Eu posso pensar em três opções -
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Compile o Blender ou encontre alguém que mantenha uma versão antiga do liquidificador para sistemas recentes. Versões antigas não funcionam como foram compiladas em versões antigas de bibliotecas que não estão mais disponíveis, algumas pequenas correções provavelmente precisarão ser feitas.
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Configure um sistema antigo para executar o blender 2.49. Você pode instalar um segundo sistema para inicializar ou criar uma configuração virtual usando o Xen ou o Qemu ... isso permitirá que você tenha o sistema antigo que ainda pode executar o 2.49 quando precisar usá-lo.
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Crie um addon de importação para a versão atual do blender. A API Python do Blender foi completamente alterada em 2.50, portanto, qualquer script antigo de 2.49 precisará ser reescrito para a versão atual. Você pode obter ajuda de script específica para o blender em blender.stackexchange.com , se você começar pedindo ajuda para importar um formato de arquivo, você pode conseguir alguém apontando você a um addon que já tenha sido feito ou oferecendo ajuda para iniciar um novo addon.