Quando você obtém um novo kernel em uma atualização, o driver nvidia precisa ser reconstruído para o novo módulo. Você precisa consertar seu ambiente de compilação, algo está faltando. Liste os pacotes da nvidia que você tem com
dpkg -l |grep nvidia
e depois para o driver, (nvidia-361 no exemplo abaixo), pegue os pacotes de que depende:
apt-cache depends nvidia-361
The output looks like:
nvidia-361
Depends: x11-common
Depends: make
make-guile
Depends: sed
sed:i386
Depends: dkms
Depends: linux-libc-dev
Depends: libc6-dev
Depends: patch
patch:i386
Depends: acpid
Depends: lib32gcc1
Depends: libc6-i386
Depends: passwd
passwd:i386
Depends: adduser
Depends: libc6
Depends: <libgl1>
libgl1-mesa-glx
Depends: libx11-6
Depends: libxext6
...snip
instale os que faltam e as atualizações do kernel não devem mais quebrar as coisas.
Quando você executa um kernel antigo, a Nvidia ainda está quebrada? O driver que você está executando quando não está executando a Nvidia? (nouveau?) Se nouveau, verifique a linha "blacklist nouveau" em qualquer arquivo em /etc/modprobe.d