Eu já encontrei a minha resposta: Se eu criptografar meu fingerprint-gui de unidade de casa não vai funcionar a menos que eu salve a senha em um formato criptografado em uma unidade externa. No entanto, o formato de criptografia usado (pelo menos o que eu encontrei) é bastante desatualizado e tem exploits conhecidos, tornando inseguro o uso para criptografia.
Outra maneira é simplesmente usar o chaveiro gnome (que é criptografado por padrão). Dessa forma, primeiro preciso fazer o login usando minha senha antes que o scanner de impressões digitais se torne utilizável (o que é mais seguro).