Use o caminho completo do seu diretório pai (no meu caso apps diretório localizado no meu diretório home) e remova um comando extra ( cd .. )
for f in ~/apps/*;
do
[ -d $f ] && cd "$f" && echo Entering into $f and installing packages
done;
Veja a captura de tela: com o comando cd .. e usando apps/*
Veja a captura de tela: sem o comando cd .. e usando ~/apps/*