Como o Stormlord disse, quando você faz a instalação, ele não toca no segundo disco rígido, a menos que você o permita explicitamente. Portanto, certifique-se de não aprovar acidentalmente por escrito! Uma coisa digna de nota, embora (teria apenas comentado sobre sua resposta, mas ainda não tenho um nível suficientemente alto), é que o Linux e o Windows tendem a sistemas de arquivos diferentes. Você deve ter uma opção durante a instalação (ou imediatamente depois - o Ubuntu tem um programa legal para partições e sistemas de arquivos que você pode use) para formatar o segundo disco rígido em algo mais utilizável. Não se esqueça de fazer as coisas primeiro!