Todas essas configurações são aplicadas. Aqui está a estrutura completa do diretório:
$ tree -f /etc/mysql
/etc/mysql
├── /etc/mysql/conf.d
│ ├── /etc/mysql/conf.d/mariadb.cnf
│ └── /etc/mysql/conf.d/mysqld_safe_syslog.cnf
├── /etc/mysql/debian.cnf
├── /etc/mysql/debian-start
├── /etc/mysql/mariadb.conf.d
└── /etc/mysql/my.cnf
Tudo começa com /etc/mysql/my.cnf, que termina da seguinte maneira:
#
# * IMPORTANT: Additional settings that can override those from this file!
# The files must end with '.cnf', otherwise they'll be ignored.
#
!includedir /etc/mysql/conf.d/
Isso significa que todos os arquivos desse diretório estão incluídos. Os arquivos são lidos em ordem alfabética, portanto, os prefixos, como 50-
, são usados para especificar a ordem.
O benefício deste sistema, que o Ubuntu também usa para muitas outras configurações, é que as atualizações dos pacotes (e, portanto, configurações padrão) podem ser instaladas sem entrar em conflito com suas mudanças e / ou acréscimos. Também é útil lembrar quais alterações você realmente fez nesses arquivos - porque você não faz nenhuma alteração, apenas cria novos arquivos.