Inesperadamente atrasado eu sei, mas apenas no caso de alguém se perguntar - o workdir deve ser definido por /usr/share/initramfs-tools/scripts/init-bottom/overlayroot . Talvez você precise regenerar seu initramfs?
O padrão é /media/root-rw/overlay-workdir/_ e você pode configurá-lo manualmente adicionando workdir=... como uma opção à entrada de comando / fstab mount overlayfs.