Parece que você instalou nvcc , mas não está no caminho do executável .
As bibliotecas estão localizadas em /usr/local/cuda-5.0/lib e /usr/local/cuda-5.0/lib64 , portanto, os executáveis provavelmente estão localizados em /usr/local/cuda-5.0/bin . Verifique nesse diretório, para ver se há um arquivo chamado nvcc . Em caso afirmativo, adicione /usr/local/cuda-5.0/bin a sua variável de ambiente PATH .
Se nvcc não estiver localizado lá, pesquise todo o diretório /usr/local/cuda-5.0 . Uma maneira de fazer isso é executar o comando:
find /usr/local/cuda-5.0 -name nvcc
Depois de encontrá-lo, você pode adicionar o diretório que o contém à sua variável PATH , ou criar um link simbólico para ele em um diretório que esteja no seu PATH , ou invocá-lo por completo nome do caminho (por exemplo, /usr/local/cuda-5.0/someplace/nvcc ).