É aqui que está ocorrendo um processo que leva algum tempo para ser concluído. Isso é feito para impedir que outras ações sejam tomadas e a janela pare de responder. É normal que isso aconteça. Pode ser que você possa fazer com um computador mais rápido ou alguma otimização. Depende do que você está executando no momento e se isso acontece com um programa em particular, como o eclipse (a otimização do arquivo de configuração geralmente ajuda bastante). Você sempre pode executar um monitor do sistema enquanto executa essas ações para ver qual processo está causando essa carga extra. Fique de olho no uso de CPU e memória para cada processo. Você pode fazer isso a partir de uma janela de terminal executando o comando top
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