A única opção rsync que você usou e que potencialmente pode remover o arquivo é --delete-after , mas exclui arquivos do destino, não da origem. Isso vale para todas as opções --delete de rsync . A única opção para remover arquivos da fonte é --remove-source-files .
Portanto, o comando rsync não deve remover nenhum arquivo da fonte.
Em uma nota diferente, a opção -h é para ajuda, o que não faz nada no seu caso, você também deve olhar para a opção -a ( --archive ) já que você já está usando a maioria das opções inclui.
Além disso, como você tem muitos --include padrões, você deve definir os padrões em um arquivo e usar a opção --include-from para tornar a linha de comando mais legível e de fácil manutenção.