É sempre melhor tentar usar software nos repositórios oficiais. Você terá alguma garantia de que não causará grandes problemas com o software existente. O Apt-get está lhe dizendo que o leafpad já existia para você instalar via Synaptic ou o Centro de Software, e que há uma atualização disponível (e que você não precisava construí-lo a partir do código-fonte).
Se tiver certeza de que não quer que versões mais recentes do leafpad sejam instaladas ao fazer atualizações de software, então:
- Abra o Synaptic (certifique-se de que Configurações / Prefs / Geral / Aparência tenha Exibir propriedades do pacote na janela principal marcada).
- pesquise pelo leafpad
- clique na guia versões
- selecione a versão que você instalou
- selecione Bloquear versão no menu "Pacotes"