Realmente tenho duas versões instaladas. Um em / usr / bin / rkhunter (versão 1.4.0) e foi instalado a partir dos apt-repositories. Houve uma segunda versão instalada em / usr / local / bin / rkhunter (versão 1.4.2) que foi instalada como uma atualização para 1.4.0, mas parece que não substituiu 1.40. Atualizar o crontab para o caminho correto resolveu o problema.
Portanto, ter duas versões do rkhunter provavelmente não é o ideal, mas essa é uma questão diferente!