As chances são da atualização (re) instalada do GRUB, que substituiu o rEFInd. Esse problema é abordado na documentação do rEFInd, na página intitulada "Mantendo o rEFInd Boot". Essa página cobre várias recuperações opções. Desde que você não diga a que (se algum) sistema operacional você pode inicializar agora, não posso ser mais preciso na minha resposta aqui. Se o sistema não estiver inicializando, recomendo que você baixe a unidade flash USB ou a imagem de CD-R do rEFInd de sua página de downloads, preparar esse meio de inicialização, e usá-lo para arrancar para o OS X ou Ubuntu para corrigir o problema. Alternativamente, você pode ser capaz de inicializar no OS X mantendo pressionada a tecla Option (ou Alt) enquanto liga o sistema, de onde você pode corrigir o problema.