Configure as três unidades de 1 TB como um grupo de volumes LVM2 de 3 TB. Usando o Synaptic, instale lvm2 e system-config-lvm e revise o mans. Veja também o link para uma visão geral do lvm.
Use o Clonezilla (clonezilla.org ou Synaptic) como backup. Suporta lvm2. Uma falha no Clonezilla ... ele NÃO fará backup (clone) ou restaurará para um disco rígido menor, mesmo que a diferença seja de apenas 1 bloco. Você vai querer investigar backups / restaurações de partições.
Você também pode precisar de CD / DVD's de 1) Ubuntu 16.04.1, 2) Clonezilla, 3) boot-repair, e 4) Windows install disk (se você tiver uma partição Windows).
Em suma, a curva de aprendizado pode ser um pouco alta, mas fará o trabalho.
Outra maneira fácil de fazer isso é instalar discos antigos e novos de 3 TB no computador e ver se o Clonezilla pode fazer uma cópia clone. Se puder, porque o disco de destino é MAIOR que o disco de origem (mesmo em 1 bloco), ele seria inicializável diretamente após a remoção do disco rígido original de 3 TB.
Felicidades, Al