Você deve criar um arquivo .conf para seu site em /etc/apache2/conf-available/
e colocar lá todas as configurações do servidor que você não deseja em .htaccess
.
Em seguida, ative essa configuração usando a2enconf
(que criará um link simbólico em /etc/apache2/sites-enabled
.
Veja /usr/share/doc/apache2/README.Debian.gz
para saber mais sobre como a configuração do Apache é tratada no Debian e seus derivados, como o Ubuntu.