O arquivo my.cnf é apenas um arquivo contendo outras localizações para procurar configurações. Isto é como segue.
!includedir /etc/mysql/conf.d/
!includedir /etc/mysql/mysql.conf.d/
Portanto, você não deve colocar nenhuma configuração diretamente em /etc/mysql/my.cnf , mas em uma das pastas especificadas.
No seu caso, seria apropriado criar o arquivo /etc/mysql/mysql.conf.d/tuning.cnf com as linhas da seguinte forma.
[mysqld]
thread_stack = 256k