Possivelmente você tenha o XIM ativado como método de entrada, e encontre o bug # 1573755 . Em caso afirmativo, tente abrir Suporte a idiomas , mude para "IBus" como método de entrada e relogine.
Editar:
Como a ideia acima não funcionou, você pode querer verificar qual é o seu layout de teclado atualmente selecionado, executando estes comandos:
gsettings get org.gnome.desktop.input-sources sources
gsettings get org.gnome.desktop.input-sources current