Sim, você pode fazer isso. Mas, de preferência, faça um backup dos seus dados. Você também pode usar gParted
para particionar sua unidade externa. Em seguida, use UnetBooting
ou o criador do disco de inicialização incluído no Ubuntu para criar a mídia ao vivo.
Atenção !. Não crie uma nova tabela de partições ou perderá todos os seus dados.