Dois monitores em uma única porta VGA? É como colocar duas lâmpadas em um único soquete e esperar que elas pisquem e desliguem separadamente.
Fora de determinadas configurações DisplayPort, cada monitor deve estar em uma porta física separada, especialmente aquela porta é uma conexão analógica como VGA.
Um monitor em VGA e um em DVI devem funcionar, dependendo da placa de vídeo, um em DVI e outro em HDMI.
Alterar a configuração e perder o mouse soa mais como um problema de configuração de exibição não relacionado ao hardware. Você pode precisar entrar no seu painel de configuração de exibição e mudar as coisas.