Se você estiver usando o Ubuntu ou Debian , a maneira mais fácil seria usar o arquivo defaults como usuário root:
sudo mysql --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf
se estiver conectado, basta alterar a senha da sua conta normal:
SET PASSWORD FOR 'tom'@'localhost' = PASSWORD('foobar');
ou (para um usuário, independentemente do host):
UPDATE mysql.USER SET Password=PASSWORD('new-password-here') WHERE USER='user-name-here';
FLUSH PRIVILEGES;