Não há ferramentas automatizadas de remoção de rootkit para o Ubuntu, apenas ferramentas para verificar rootkits.
chkrootkit e rkhunter são ferramentas bastante robustas quando se trata de detectar rootkits, mas são tão bons quanto suas regras. Também procure em tripwire , que verifica se há alterações nos arquivos críticos.
Você deve ter todos os itens acima executados regularmente via cron.