A janela popup / balão que aparece quando eu estava tentando selecionar links é causada pelo Cairo Dock. Não é realmente um problema do Ubuntu. Isso é causado pelo complemento Histórico da Área de Transferência.
Para se livrar dele, você pode selecionar o Modo Avançado (na parte inferior da janela de configurações) e ir até Acessórios e selecionar Histórico da Área de Transferência. Mover para a guia Configuração. No canto superior direito, há um menu suspenso que muda de [Seleção] para [Área de Transferência]. Também role para baixo até Ações e desabilite tudo em Ações. O pop-up desapareceu agora.
Não consiga descobrir exatamente como se livrar da outra dica de ferramenta / pop-up, mas também receberei essa classificação e atualizarei essa resposta.