Talvez a solução mais fácil para você seja instalar o mkusb e deixá-lo iniciar desde o início. Cria uma partição casper-rw para persistência automaticamente.
Você pode decidir quanto do espaço disponível na unidade usar para persistência. O restante (do espaço em disco disponível) será usado para uma partição usbdata , disponível também no Windows.
Veja estes links