Você moveu seu /tmp e /var para tmpfs (ramdisk) ? Eu tive esse mesmo problema comprimir arquivos grandes no meu sistema, enquanto pequenos arquivos compactados muito rapidamente. O problema foi porque movi /tmp , /var para tmpfs e meu sistema estava ficando sem memória ao compactar.
Por favor, edite sua pergunta colando a saída de cat /etc/fstab
.