Atualmente tenho um sistema rodando a última versão do Ubuntu Studio em um único HD WD de 1TB, e recentemente instalei um SSD de 250GB no meu computador no qual eu quero instalar o Windows 10 para poder jogar. Tenho uma licença / chave do Windows válida e estou imaginando a melhor maneira de instalar o Windows no SSD e separá-lo do Ubuntu.
Contanto que você selecione as unidades e partições corretas ao instalar o Ubuntu e o Windows, você deve estar bem.
Os gerenciadores de inicialização são instalados nas unidades e são separados em seu computador.
Como os sistemas operacionais estão em unidades separadas, eles já devem estar separados um do outro por padrão.