Desmontou a unidade? Verifique isso. Se esse não é o problema, aqui está como eu faria isso.
No Windows há um utilitário de linha de comando chamado diskpart. Ele permite que você gerencie unidades.
Vá para o seu prompt de comando e digite diskpart e dê permissão.
Digite list disk e encontre a unidade por seu tamanho.
Digite select disk - qualquer número de disco que seja.
Agora você pode usar clean para limpar a unidade inteira. Se ocorrer um erro, acesse detail disk e select volume e um número de volume. Agora você pode usar clean . CERTIFIQUE-SE DE QUE SELECIONE A UNIDADE CORRECTA !!!
Você pode querer create partition primary ; assign letter com a letra que você deseja que a unidade seja; e active . Você deve ter limpado com sucesso seu disco rígido. Comente com quaisquer problemas que você possa ter.
No Ubuntu, eu uso o gparted. Você pode alterar as permissões com chmod e talvez até excluí-las com um terminal com sudo . Desculpe, não é um especialista em Linux ainda, mas é o que eu faria. :)