Você pode usar as opções --include e --exclude ou, para um processo de backup, você pode querer usar --include-from para listar as pastas que deseja fazer o backup em um arquivo.
Por exemplo, seu arquivo pode ser chamado includes.txt e salvar em seu diretório pessoal. Ele conteria
inc1/
inc2/
E o comando rsync para fazer backup das pastas inc1 e inc2 em seu diretório inicial seria
rsync $HOME --include-from=~/includes.txt /home/backup/
O rsync é muito flexível, é melhor você consultar a página do manual primeiro e se ficar preso fazendo uma pergunta mais específica.