Você pode tentar sobrescrever o MBR do pendrive, com:
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/YOUR_DISK bs=512 count=1
Você pode verificar o dispositivo de YOUR_DISK com sudo fdisk -l .
Observe que, com isso, você perderá o conteúdo do pendrive, mas ele deverá ser detectado novamente depois disso. Você terá que formatá-lo novamente depois.