Eu tenho tido esse problema também no Lubuntu xenial 16.04. Esta é uma solução alternativa da seguinte maneira:
- Na GUI do Dolphin, clique com o botão direito do mouse no arquivo do tipo para o qual você deseja alterar o aplicativo padrão.
- Vá para Abrir com > > Outro ....
- Selecione o programa que você quer que seja padrão e marque a caixa "Lembrar associação de aplicativos para este tipo de arquivo"
- Pressione OK para executar o programa e atualizar a associação de tipo de arquivo
Não é o ideal, mas parece funcionar para mim por enquanto.